El Aeropuerto de Melilla atendió 565 «vuelos hospital» entre salidas y llegadas durante el año 2009. Uno de los vuelos correspondió específicamente al traslado de órganos para un posterior trasplante. Un total de 559 operaciones han tenido como origen o destino un aeropuerto español. El de Málaga sobresale con 523 vuelos con la Ciudad Autónoma. Otros destinos peninsulares fueron Sevilla (12), Madrid (9) o Córdoba (8). Destacan, por otra parte, las seis conexiones con Francia a los aeropuertos de París-Le Bourget y de Toulouse-Blagnac, entre otros.
Por la propia naturaleza de estas operaciones muchos de estos vuelos se producen fuera del horario normal del aeropuerto, lo que obliga a realizar un esfuerzo muy importante en recursos, fundamentalmente humanos, y materiales necesarios. En este sentido, hay que destacar que existe un procedimiento de actuación.
En el caso de que el movimiento de la aeronave se produzca dentro del horario operativo del aeropuerto (entre las 07:45 y las 20:30 en verano y entre las 08:00 y las 18:30 en invierno) la operación del vuelo se coordina con el resto de la programación de vuelos comerciales, para minimizar el tiempo empleado en los procesos asociados.
