El Aeropuerto de Huesca-Pirineos garantiza la seguridad de sus instalaciones y el cumplimiento de cuantas medidas haya podido establecer la AESA (Agencia Estatal de Seguridad Aérea). Desde su inauguración la actividad del Aeropuerto se desarrolla con normalidad, compatibilizando las operaciones comerciales con otras destinadas a actividades como por ejemplo las deportivas, de formación o de rescate.