El Aeropuerto de Melilla atendió 565 «vuelos hospital» entre salidas y llegadas durante el año 2009. Uno de los vuelos correspondió específicamente al traslado de órganos para un posterior trasplante. Un total de 559 operaciones han tenido como origen o destino un aeropuerto español. El de Málaga sobresale con 523 vuelos con la Ciudad Autónoma. Otros destinos peninsulares fueron Sevilla (12), Madrid (9) o Córdoba (8). Destacan, por otra parte, las seis conexiones con Francia a los aeropuertos de París-Le Bourget y de Toulouse-Blagnac, entre otros.
